Утилита checkinstall предлагает заменять команду make install. Т.о. сборка выглядит так:
./configure
make
sudo checkinstall
После чего checkinstall установит, создаст .deb пакет и сохранит его в этой же директории.
Подробности как всегда
man checkinstall
Преимущества: можно удалять стандартными средствами (synaptic, aptitude remove, aptitude purge и т.д.), создается DEB, RPM, Slackware пакет.