Чтобы сделать фон conky в KDE прозрачным достаточно добавить в конфиг файл .conkyrc строку
own_window_argb_visual yes
Так же следует обратить внимание на параметры:
own_window_transparent yes
own_window_type normal
Строку с указанием цвета фона удаляем или делаем не активной
#own_window_colour black
Пример: мой файл .conkyrc