В Ubuntu GNU/Linux 16.04 LTS из репозитория устанавливается KeePassX версии 2, в то время как в Ubuntu GNU/Linux 14.04 LTS в репозитриях есть только KeePassX версии 0.4.3.
KeePassX2 не работает с базами версии 0.4.3 и предлагает их конвертировать в свой формат, то есть сделать из .kdb в .kdbx. KeePassX 0.4.3, естественно, не умеет работать с .kbdx.
Соответственно, чтобы работать с одной и той же базой паролей и в 14.04 и в 16.04 необходимо в 14.04 тоже установить KeePassX версии 2, так как это более разумно, чем пытаться установить KeePassX 0.4.3 в 16.04.